Andreas Neue war im Vorstand des CDU-Stadtverbandes auch umstritten, weil er als Vorstandsmitglied öffentlich zur Abwahl des Bernauer Bürgermeisters Hubert Handke (CDU) aufgerufen hatte.

"Auf Grund des Verhaltens von Andreas Neue waren wir gezwungen zu handeln", erklärte der Bernauer CDU-Vorsitzende Frank Goral. Die CDU respektiere zwar das Engagement von Neue als Sprecher der Bürgerinitiative gegen die Altanschließerbeiträge. Er habe aber in dieser Funktion durch sein öffentliches Handeln und seine Äußerungen eine Distanz zum Vorstand der CDU hergestellt, die nicht mehr zu überbrücken gewesen sei.